In der Kolonialzeit gehörten zu Paraguay Gebiete des heutigen Brasilien, Bolivien und Argentinien. In diesem großen südamerikanischen Land baute der Orden der Jesuiten eine Verwaltungsinstanz auf, die weitgehend unabhängig arbeitete. Wie bei den Franziskanern war es das vorrangige Ziel der Jesuiten die Indianer zum Christentum zu bekehren. Indem sie auch für die Würde der Ureinwohner eintraten, praktizierten sie eine menschlichere Alternative zur ausbeuterischen Feudalpolitik der Spanier.
Der Beschluss der Jesuiten, die Bekehrung der Indianer in Paraguay zur ersten Aufgabe des Ordens zu benennen, wurde auf einer Synode im Jahre 1603 verabschiedet und sechs Jahre später von Philipp II. bestätigt. In den folgenden Jahren reisten kleine Gruppen des Ordens in das zu diesem Zeitpunkt in Europa fast unbekannte Land. In den frühen Jahren ihrer Mission in Paraguay sahen sich die Missionare immer wieder durch brasilianische Sklavenjäger bedroht. 1629 mussten tausende von Guaranís aus dem Gebiet des oberen Paraná fliehen. 1641 gelang es allerdings einer Armee, die von den Jesuiten zusammengestellt worden war, die Sklavenjäger zu vertreiben.
In den Jahren danach blühten die Ansiedlungen der Indianer rasch auf. Etwa 150.000 Guaranís konnte der Jesuitenorden in 30 Missionsstationen an den Ufern des Rio Paraná ansiedeln, um mit ihnen in einer Gemeinschaft zu leben, die sich an theokratisch-sozialistischen Idealen orientierte. Am Anfang des 18. Jahrhunderts erlebten die Missionen in Paraguay ihre einflussreichste Zeit und stellten sich dem europäischen Reisenden als Idealbild einer vollkommenen Gesellschaftsordnung dar.
Die Guaranís lebten vom Ackerbau und der Viehzucht und bauten auch Mate-Sträucher an. Als Kunsthandwerker und Bildhauer waren die Ureinwohner ebenfalls sehr geschickt. Die Jesuiten unterrichteten die Guaranís ebenfalls im Gitarren- und Harfenspiel. Doch das Ideal des menschlichen Zusammenlebens war nicht von langer Dauer. Die Jesuiten hatten von Anfang an Feinde in Paraguay, die mit Hilfe von Verbündeten am spanischen Hof das Reich der Jesuiten bekämpften. 1767 wurden die Missionare aus dem südamerikanischen Land vertrieben und die Guaranís ihrem Schicksal überlassen. Sie kamen entweder in die Gewalt der Sklavenhändler oder gerieten in die Abhängigkeit der spanischen Feudalherren.