Schon der deutsche Starreporter Egon Erwin Kisch, der nach 1933 ins Exil nach Mexiko ging, liebte die Stadt Querétaro. Er schrieb: „Es ist eine Stadt, zu der die Muse der Geschichte immer wieder zurück geht.“ Der Besucher wird auch heute noch bei einem Bummel durch das alte Stadtzentrum, an jeder Ecke auf geschichtsträchtige Bauten stoßen. Unweit der Plaza de la Constitución befindet sich der Convento de San Francisco, eine der ältesten Kirchen und Klöster Mexikos, dessen Bau 1540 begonnen wurde.
Im Museo Regional, in den Räumen des ehemaligen Klosters eingerichtet, sind präkolumbische Funde aus Mexiko und Artefakte der Otomí und Tolteken ausgestellt. Zu den historisch wertvollen Stücken des Museums zählen auch Dokumente, die aus der Zeit des Habsburger Kaisers Maximilan stammen. Der Ex-Palacio Federal beherbergt heute ein exquisites Kunstmuseum. Der herrliche Bau aus der Barockzeit stammt aus der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts.
Seit 1998 ist die Altstadt von Querétaro von der UNESCO als Weltkulturerbe aufgenommen worden. Im Theater de la República wurde 1854 zum ersten Mal die Nationalhymne von Mexiko gespielt. 1867 verhandelte hier ein Kriegsgericht und verurteilte Kaiser Maximilian zum Tode. In denselben Räumen tagte 1917 auch die verfassungsgebende Versammlung. Die Namen der Schöpfer der Verfassung sind in goldener Schrift festgehalten.
Am westlichen Stadtrand befindet sich der Cerro de las Campanas, der Hügel der Glocken, auf dem am 19. Juni 1867 Kaiser Maximilian hingerichtet wurde. Heute steht dort eine riesige Statue von Benito Juárez. An eine weitere Episode der kolonialen Vergangenheit von Mexiko erinnert das Acueducto de Querétaro, das sich am östlichen Stadtrand befindet. Das Aquädukt ist 1,2 Kilometer lang und wird von 74 Rundbögen zusammengehalten, die bis zu 23 Meter hoch sind. Die Bauarbeiten an dem Projekt, das die Wasserversorgung der Stadt sichern sollte, dauerten neun Jahre (1726-35).